Emenda é toda proposta de modificação ao projeto original, encaminhada ao sistema CEP/Conep pela Plataforma Brasil, com a descrição e a justificativa das alterações. As emendas devem ser apresentadas de forma clara e sucinta, destacando nos documentos enviados os trechos modificados. A emenda será analisada pelas instâncias de sua aprovação final (CEP e/ou Conep). As modificações propostas pelo pesquisador responsável não podem descaracterizar o estudo originalmente proposto e aprovado pelo sistema CEP/Conep. Em geral, modificações substanciais no desenho do estudo, nas hipóteses, na metodologia e nos objetivos primários não podem ser consideradas emendas, devendo o pesquisador responsável submeter novo protocolo de pesquisa para ser analisado pelo sistema CEP/Conep.
O pesquisador poderá submeter emendas apenas em pesquisas já aprovadas. O sistema permite o envio de uma emenda por vez, apresentando a opção novamente somente quando a análise ética da emenda anterior tiver sido finalizada.
A notificação é uma funcionalidade que deve ser utilizada quando houver necessidade de encaminhar ao CEP documentos como: comunicação de início do projeto, carta de autorização da instituição, envio de relatório parcial, entre outros. Nos documentos encaminhados não deve constar alteração no conteúdo do projeto, que deve ser realizada por meio de emenda.
Só é possível enviar notificação em projetos aprovados (emendas em tramitação não impedem o envio de notificação). Porém, em projetos aprovados, mas com solicitação de alteração de pesquisador responsável, não é possível enviar notificação.