A variante delta do SARS-CoV-2 já circulava com transmissão comunitária no Brasil em junho e foi introduzida no país por pelo menos dez fontes diferentes. Essas são algumas das conclusões de um estudo publicado em meados de outubro na plataforma de preprints medRxiv, na qual pesquisadores do Instituto Butantan, do Hemocentro de Ribeirão Preto, da Universidade de São Paulo, da Universidade Estadual Paulista, da Universidade Federal de Minas Gerais, da Fundação Oswaldo Cruz e da Secretaria Municipal de Saúde de São Paulo, entre outras instituições, caracterizaram pela primeira vez os padrões da disseminação da variante delta pelo Brasil e identificaram a origem das introduções da linhagem no país.

De acordo com as análises, algumas das dez introduções ocorridas no Brasil até o final de setembro foram relacionadas com amostras da variante delta em circulação na Austrália e nos Estados Unidos, enquanto outras se relacionaram com amostras do Reino Unido. Quanto à transmissão comunitária, que já se encontrava estabelecida desde junho, foram detectadas ao menos quatro cadeias de transmissão independentes: no Rio de Janeiro, em Goiás, no Maranhão e no Paraná. 

O estudo foi realizado a partir dos dados coletados pela Rede de Alerta das Variantes do SARS-CoV-2 do estado de São Paulo, liderada pelo Butantan e que já sequenciou mais de 30 mil amostras do vírus causador da Covid-19. “Na semana epidemiológica 27 (no início de julho, quando os dados foram coletados), tínhamos 17 mil amostras sequenciadas na Rede, e um total de 98 amostras com a variante delta”, explica a diretora do Centro de Desenvolvimento Científico do Butantan, Sandra Coccuzzo, que é coordenadora da Rede.

Para caracterizar e contextualizar o caminho da delta no estado de São Paulo e, especialmente, na cidade de São Paulo, os pesquisadores reuniram um conjunto de dados global e representativo disponível na plataforma GISAID (sigla para global initiative on sharing all influenza data), iniciativa que fornece acesso aberto a dados genômicos do vírus influenza e do coronavírus. Atualmente, estão depositados ali 170 mil genomas da variante delta.

A variante delta no Brasil

O Brasil tem sido uma fonte contínua de novas variantes de Covid-19 desde o final de 2020, com o surgimento em Manaus da variante de preocupação gama (ou P.1), que se espalhou pelo país a partir de janeiro de 2021, tornando-se eventualmente responsável por mais de 90% dos casos de Covid-19 até meados de 2021. Não é mais assim. Da mesma forma como aconteceu no restante do planeta, também no Brasil atualmente predomina a variante delta, surgida na Índia em setembro de 2020.

A variante delta é hoje responsável por 90% dos casos de Covid-19 no Brasil, registrados nos 26 estados e no Distrito Federal. De acordo com a Rede de Alerta das Variantes do SARS-CoV-2, a delta predomina no estado de São Paulo desde a 33ª semana epidemiológica (15 a 21/8). Na 42ª semana epidemiológica (17 a 23/10), ela correspondia a 99,7% das amostras sequenciadas pela rede, seguida pela variante P.1.7 (0,3%).

Os primeiros casos relatados de infecções da variante delta no país estão associados a um navio cargueiro que partiu da Malásia em 27/3, e que havia passado pela África do Sul antes de chegar no Brasil, em 14/5, transportando mais de 20 tripulantes, seis deles positivos para delta. A primeira amostra da variante delta coletada na cidade de São Paulo é do final de junho. A introdução na Grande São Paulo provavelmente chegou por Taubaté, partindo inicialmente do estado do Rio de Janeiro. 

Sobre a Rede de Alerta das Variantes

A Rede de Alerta das Variantes do SARS-CoV-2 é coordenada pelo Instituto Butantan e reúne laboratórios públicos e privados com o objetivo de identificar as linhagens do novo coronavírus em circulação no estado de São Paulo. Integram a rede o Hemocentro de Ribeirão Preto/FMRP-USP, Mendelics, FZEA-USP/Pirassununga, Centro de Genômica Funcional ESALQ-USP/Piracicaba, Faculdade de Ciências Agrônomas UNESP/Botucatu, FAMERP/São José do Rio Preto, Centro Analítico de Genômica e Proteômica/Instituto Butantan.

*Este texto é uma colaboração do jornalista científico Peter Moon para o portal do Butantan