O acervo é composto por aproximadamente 15 mil exemplares, entre livros, teses, dissertações e 200 mil fascículos de periódicos científicos nas áreas de pesquisa: toxinas, biotecnologia, imunologia, farmacologia, biodiversidade entre outras. Além disso, a Biblioteca disponibiliza toda a coleção das Memórias do Instituto Butantan, dos Cadernos de História da Ciência e a coleção Vital Brazil.