O sequenciamento de variantes da Covid-19 é hoje o principal recurso tecnológico usado no mundo para compreender o avanço do vírus SARS-CoV-2 e de suas novas linhagens e permitir o avanço de políticas de saúde para o combate da pandemia. Uma dessas plataformas mais relevantes, a Rede de Alerta das Variantes do SARS-CoV-2, coordenada pelo Instituto Butantan, representa cerca de 40% de todas as amostras do novo coronavírus sequenciadas no Brasil, de acordo com um levantamento realizado em fevereiro. A rede do instituto acompanha a incidência dos casos positivos de Covid-19 e identifica as variantes mais circulantes no estado de São Paulo.
“Este trabalho permitiu que o Butantan evoluísse muito e se consolidasse como um dos principais centros de vigilância genômica do país, já que, mesmo inicialmente em São Paulo, nós somos responsáveis por mais de 40 mil sequencias genéticas e isso é aproximadamente 40% de todas as sequências produzidas no Brasil”, afirma o bioinformata da Rede de Vigilância Genômica do Instituto Butantan Alex Ranieri.
Esta capacidade significa detectar em tempo hábil as entradas das novas variantes à medida que elas aparecem nos municípios paulistas. “Quando começaram a surgir as variantes gama, delta, ômicron, e suas sublinhagens, a rede conseguiu acompanhar bem a evolução do vírus aqui no estado”, explicou Alex.
A rede genômica coordenada pelo Instituto Butantan reúne o Hemocentro de Ribeirão Preto/FMRP-USP, FZEA-USP/Pirassununga, Centro de Genômica Funcional (ESALQ-USP)/Piracicaba, Faculdade de Ciências Agrônomas –UNESP/Botucatu, FAMERP – São José do Rio Preto, Mendelics, Centro Analítico de Genômica e Proteômica e o laboratório do próprio Instituto Butantan com o objetivo de identificar as linhagens do SARS-CoV-2. As nomenclaturas das variantes são definidas de acordo com a Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (Pango).
No sequenciamento genômico de 2022, até a 11ª semana epidemiológica (semana de 12 a 19 de março), foi identificada apenas a variante ômicron do SARS-CoV-2 circulante no estado e já foram sequenciados 6.568 (1,7%) genomas completos de 348.207 (49,5%) casos positivos no período.
Em 2021, por sua vez, foram identificadas 40 variantes circulantes em São Paulo, divididas entre todos os Departamentos Regionais de Saúde (DRS) do estado. Do início do sequenciamento genômico em fevereiro de 2021 até a 52ª semana epidemiológica foram sequenciados 36.856 (3,1%) genomas completos de 1.181.753 (31,8%) casos positivos.
