Equipamentos multiusuários

Setor de Citometria de Fluxo

Informações sobre os Citômetros de Fluxo disponíveis para agendamento:

- Analisador BD FACSCanto II, equipado com lasers azul (488 nm), vermelho (633 nm) e violeta (405 nm) e filtros 515-545, 564-606, 670-735 e 750-810 para o laser azul, 650-670 e 750-810 para o laser vermelho e 425-475 e 502-525 para o laser violeta.

- Analisador BD FACSLyric (FAPESP 2021/13951), equipado com lasers azul (488 nm), vermelho (633 nm) e violeta (405 nm) e com capacidade para análises simultâneas de até 12 cores e 14 parâmetros (incluindo FSC e SSC). Equipamento com capacidade para adquirir mais de 20 milhões de células por amostra (tubo), sem interromper o fluxo de aquisição e com armazenamento dos dados em um único arquivo, com nível de arraste entre amostras (Carryover) inferior a 0,1% e com controle dos parâmetros analíticos e otimização dos dados gerados por recursos que incluem: o ajuste da voltagem dos detectores; a possibilidade de habilitar os parâmetros Área (A), Altura (H) e Amplitude (W) para todos os canais de detecção disponíveis; e a possibilidade de habilitar e ajustar os limiares de sinal (Threshold) produzidos por parâmetros individuais ou combinados. Equipamento com carregador automático de amostras.

- Separador (Cell Sorting) BD FACSAria III, equipado com lasers azul (488 nm), vermelho (633 nm) e violeta (405 nm) e filtros 515-545, 564-606, 600-620, 675-715 e 750-810 para o laser azul, 650-670, 708-752 e 750-810 para o laser vermelho e 420-470, 185-535, 600-630, 640-680, 685-735 e 750-810 para o laser violeta.

Normas para agendamento e uso do BD FACSCanto II:

- Acesse o link https://sistemas.butantan.gov.br/equipamentos;

- Selecione o equipamento e horário desejado e faça login no sistema;

- Preencha os dados solicitados no formulário on line e clique em “Concluir”;

- Sua solicitação será enviada ao Setor de Citometria de Fluxo, e você receberá um e-mail automático informando o status da solicitação;

- Caso sua solicitação seja aceita, você receberá uma notificação por e-mail, com a confirmação da data e horário agendado;

- Caso sua solicitação seja recusada, você receberá uma notificação por e-mail, com o motivo da recusa, e deverá acessar novamente o sistema para realizar um novo agendamento;

- A solicitação de agendamento deve ser realizada com pelo menos 72 horas de antecedência, a fim de garantir a análise pelo Setor e confirmação para o usuário em tempo hábil;

- Em caso de desistência, solicitamos o envio de e-mail para citometria@butantan.gov.br com o máximo de antecedência possível, a fim de liberar o horário para outros usuários e/ou de evitar a inicialização desnecessária do equipamento (aquecimento dos lasers e “start up”);

- A fim de manter as condições adequadas das amostras até o momento da leitura, transportá-las até o Setor em caixas de isopor refrigeradas (gelo úmido ou placas de gelo químico) e protegidas da luz;

- Providenciar “pen-drive” para que os dados obtidos fiquem em segurança com o pesquisador, não ocupando espaço desnecessário nos computadores dos citômetros;

- Providenciar o tampão específico do equipamento (BD FACSflow) quando solicitado pelo Operador; esta solicitação se faz necessária em função do consumo de cada Laboratório; outros produtos de consumo, em particular tubos específicos para citometria, são de responsabilidade do usuário;

- Em caso de dúvidas, entre em contato com citometria@butantan.gov.br.

Normas para agendamento e uso do BD FACSLyric e BD FACSAria III (Cell Sorting):

Entrar em contato com o responsável pelos equipamentos:

Luiz Roberto Sardinha: citometria@butantan.gov.br; ramal: 7040

Os usuários interessados deverão enviar "Dados do solicitante" para o e-mail citometria@butantan.gov.br, A/C Luiz Roberto Sardinha, c/c para carla.baptistao@butantan.gov.br e denise.tambourgi@butantan.gov.br.

Dados do solicitante:

• Pesquisador responsável;

• Laboratório; 

• Título do Projeto;

• Agência Financiadora; 

• Processo; 

• Dados da Amostra;

• Outras informações que o pesquisador achar relevante.

A solicitação de agendamento deve ser realizada com pelo menos 72 horas de antecedência. O atendimento da solicitação estará condicionado à disponibilidade de horário para uso do equipamento, bem como do responsável pela operação do mesmo.

Em caso de desistência, solicitamos o envio de cancelamento por e-mail com o máximo de antecedência possível, a fim de liberar o horário para outros usuários.

Solicitamos que o usuário providencie “pen-drive” para a transferência de dados.

O Cytation™ 3 é um leitor de microplacas que combina microscopia digital automatizada e detecção de microplaca convencional, ou seja, ele engloba funções de leitura de placas por multidetecção (absorbância, fluorescência e luminescência) bem como captura de imagens celulares por fluorescência invertida, fornecendo assim uma rica informação celular fenotípica com dados quantitativos.

O equipamento possui as seguintes funções:

- Leitura e captura de imagens em placas desde 6 poços até 384 poços;

- Agitação linear e orbital;

- Controle de temperatura até 45°C;

- Modos de captura de imagem: captura pontual, montagem (varredura de área) e ensaios time-lapse (cinéticas).

O Cytation 3 está equipado com cubos de LEDs e filtros para DAPI, GFP e Texas Red. Seguem faixas de excitação e emissão de cada cubo. 

DAPI: Excitação 377/50 e Emissão 447/60

GFP: Excitação 469/35 e Emissão 525/39

Texas Red: Excitação 586/15 e Emissão 647/57

Os usuários interessados em utilizá-lo deverão enviar "Dados do solicitante" para o e-mail carla.baptistao@butantan.gov.br, c/c para denise.tambourgi@butantan.gov.br

Dados do solicitante:

• Pesquisador responsável;

• Laboratório; 

• Título do Projeto;

• Agência Financiadora; 

• Processo; 

• Dados da Amostra: placa ou lâmina; absorbância, fluorescência ou luminescência; se fluorescência, qual o fluoróforo utilizado; 

• Outras informações que o pesquisador achar relevante.

A solicitação de agendamento deve ser realizada com pelo menos 72 horas de antecedência. O atendimento da solicitação estará condicionado à disponibilidade de horário para uso do equipamento, bem como do responsável pela operação do mesmo.

Em caso de desistência, solicitamos o envio de cancelamento por e-mail com o máximo de antecedência possível, a fim de liberar o horário para outros usuários.

Solicitamos que o usuário providencie “pen-drive” para a transferência de dados.

Responsáveis:

Carla Cristina Squaiella Baptistão (E-mail: carla.baptistao@butantan.gov.br - Ramais 9722 ou 9710)

Denise V. Tambourgi (E-mail: denise.tambourgi@butantan.gov.br - Ramais 9722 ou 9727)

Plataforma para montagem de Testes Imunocromatográficos (Processo FAPESP 2013/50955-7)

Descrição dos equipamentos

Matrix 2210 - Universal Laminator Module (Kinematic Automation, Inc.) é um aparelho utilizado para montagem do teste imunocromatográfico por meio de vácuo e força aplicada para correta e uniforme sobreposição das membranas que compõe o teste.

Matrix 2360 - Programmable Shear (Kinematic Automation, Inc.) é um aparelho eletrônico utilizado para cortar precisamente as tiras do teste imunocromatográfico após montagem no módulo Matrix 2210. O aparelho é composto por uma guilhotina de precisão e uma mesa, no qual a fita montada desliza para possibilitar o corte da mesma. Toda a configuração da velocidade e espessura do corte é estabelecida em um painel eletrônico.

Responsável

Roxane Maria Fontes Piazza (e-mail - roxane.piazza@butantan.gov.br; telefone 11 26279724)

Plano de Gestão de Uso:

1. Para utilizar o equipamento os pesquisadores e os usuários devem preencher uma ficha de identificação, que deverá ser solicitada à Pesquisadora responsável: Dra. Roxane Maria Fontes Piazza pelo e-mail  roxane.piazza@butantan.gov.br.

2. Não é permitida a utilização do equipamento sem o acompanhamento dos responsáveis técnicos (Dra. Letícia Barboza Rocha ou Juliana Polatto Yassuda). A utilização dos equipamentos deverá ser realizada sob supervisão de uma das pessoas responsáveis. A manipulação dos equipamentos pelo usuário será parcial e realizada após um treinamento prévio para explicação do funcionamento, características e exigências do material a ser utilizado nos aparelhos. Todo material utilizado para confecção das fitas deverá ser de responsabilidade do usuário: antígenos, anticorpos, ouro coloidal e as diversas membranas que compõe o teste imunocromatográfico.

3. Agendamento diretamente com Dra. Letícia Barboza Rocha no e-mail leticia.rocha@butantan.gov.br ou Juliana Polatto Yassuda no e-mail juliana.yassuda@butantan.gov.br ​

4. O horário para utilização do equipamento será de segunda a sexta feira, no período matutino das 9:00 às 12:00h e no período vespertino das 14:00 às 17:00 h.

5. Desistências deverão ser comunicadas com pelo menos 24 h de antecedência.

6. A plataforma de montagem de Testes Imunocromatográficos, bem como o técnico responsável, deverão ser mencionado em todas as publicações, teses, trabalhos e comunicações enviadas a congressos e reuniões científicas que resultarem de seu uso, sendo imprescindível a citação do (Processo FAPESP 2013/50955-7). Solicitamos ainda que seja enviada uma cópia impressa ou por e-mail das publicações, teses (página de rosto, resumo e agradecimentos) e comunicações enviadas a congressos e reuniões científicas. Isto é necessário para relatórios e justificativas, bem como manutenção e melhoria do serviço e do equipamento.

Comitê gestor

Dra. Roxane Maria Fontes Piazza - roxane.piazza@butantan.gov.br

Dra. Letícia Barboza Rocha - leticia.rocha@butantan.gov.br 

Ms. Juliana Polatto Yassuda -  juliana.yassuda@butantan.gov.br ​

Comitê de usuários: 

Dr. Carlos Roberto Prudêncio  - Instituto Adolfo Lutz - crprudencio@ial.sp.gov.br 

Dra. Lilian Campos Pires - Dnapta Biotecnologia- lilian.pires@dnapta.com 

Dra. Patrícia Antônia Estima Abreu de Aniz –Instituto Butantan – patricia.aniz@butantan.gov.br​   

Equipamento:

O cromatógrafo líquido - espectrômetro de massa - IT-TOF é um equipamento híbrido ideal para investigações de biomarcadores, identificação de metabólitos e pesquisa proteômica. Acoplando ionização a pressão atmosférica com as tecnologias de Ion Trap (IT) e Tempo de vôo (TOF), o LCMS-IT-TOF permite obter alta exatidão de massa e alta resolução (10.000 a 1000 m/z) em todos os modos MS. Disponibiliza a capacidade de MS n  utilizando o método de ion-trap e também a capacidade de ionização tanto em modo positivo, quanto negativo.

Agendamento:

Enviar e-mail para o Dr. Daniel C. Pimenta (dcpimenta@butantan.gov.br)

Informações sobre as condições e preparo de amostras:

As amostras devem estar dessalinizadas e em concentração a partir de micromolar. Não devem contem solventes não voláteis ou detergentes. Informações complementares serão fornecidas caso a caso. Também poderá ser possível realizar o processamento de amostras no laboratório, mediante agendamento prévio com a equipe e disponibilidade de agenda.

Resultados:

Os resultados (dados brutos) serão compartilhados pelo Google Drive, ou copiados para HD externo do solicitante, conforme o caso. Resultados processados e interpretados podem ser fornecidos mediante agendamento prévio com a equipe e disponibilidade de agenda.

Localização e contato:

Prédios 124/125; Contato: Dr. Daniel C. Pimenta (dcpimenta@butantan.gov.br)

Equipamento:

Espectrômetros de massa tipo MALDI-TOF/TOF, com amostrador automático de até 384 posições. Capacidade de analisar tanto íons positivos quanto negativos Faixa de trabalho: 1-500kDa no modo linear e 1-80kDa no modo reflectron;

Agendamento:

Enviar e-mail para o Dr. Daniel C. Pimenta (dcpimenta@butantan.gov.br)

Informações sobre as condições e preparo de amostras:

As amostras devem estar dessalinizadas e em concentração a partir de micromolar. Não devem contem solventes não voláteis ou detergentes.  Informações complementares serão fornecidas caso a caso. Também poderá ser possível realizar o processamento de amostras no laboratório, mediante agendamento prévio com a equipe e disponibilidade de agenda.

Resultados:

Os resultados (dados brutos) serão compartilhados pelo Google Drive, ou copiados para HD externo do solicitante, conforme o caso. Resultados processados e interpretados podem ser fornecidos mediante agendamento prévio com a equipe e disponibilidade de agenda.

Localização e contato:

Prédios 124/125; Contato: Dr. Daniel C. Pimenta (dcpimenta@butantan.gov.br)

Equipamento:

Espectrômetro de magneto permanente, 1D, 1H, 60 MHZ

Agendamento:

Enviar e-mail para o Dr. Daniel C. Pimenta (dcpimenta@butantan.gov.br)

Informações sobre as condições e preparo de amostras:

As amostras devem estar dessalinizadas e em quantidade a partir de 5 mg e preferencialmente já em solubilizadas em solvente deuterado. Não devem contem solventes não voláteis ou detergentes. Informações complementares serão fornecidas caso a caso. Também poderá ser possível realizar o processamento de amostras no laboratório, mediante agendamento prévio com a equipe e disponibilidade de agenda.

Resultados:

Os resultados (dados brutos) serão compartilhados pelo Google Drive, ou copiados para HD externo do solicitante, conforme o caso. Resultados processados e interpretados podem ser fornecidos mediante agendamento prévio com a equipe e disponibilidade de agenda.

Localização e contato:

Prédios 124/125; Contato: Dr. Daniel C. Pimenta (dcpimenta@butantan.gov.br)

Espectropolarímetro (CD - Dicroísmo Circular)

Equipamento:

Espectropolarímetro da marca JASCO, modelo J810, associado a uma unidade Peltier para controle digital de temperatura 

Responsável:

Enéas de Carvalho (email eneas.carvalho@butantan.gov.br ou telefone 2627-9826)

Localização:

O espectropolarímetro está localizado no Centro de Biotecnologia, Laboratório de Biotecnologia Molecular I

Aplicações:

A princípio, toda molécula que possua dicroísmo circular (isto é, com atividade de absorção diferencial de luz circularmente polarizada no sentido horário e no sentido anti-horário) pode ser avaliada pelo espectropolarímetro. É comum que a estrutura destas moléculas esteja relacionada ao seu dicroísmo circular. Portanto, este equipamento é frequentemente utilizado para avaliar estruturas e alterações estruturais. Entre estes usos, pode-se destacar a avaliação da estrutura secundária das proteínas, dinâmica de alterações estruturais em função de tratamentos térmicos ou químicos ou em função de interação entre moléculas, etc. Entre as moléculas com conhecido dicroísmo circular, e que são geralmente analisadas por esta técnica, pode-se citar as proteínas e peptídeos, o DNA, o RNA, alguns polisacarídeos, etc

Como agendar: 

   > Enviar um email para eneas.carvalho@butantan.gov.br solicitando o agendamento;

    > Informar: possível(is) data(s) para agendamento (informar estas datas com a maior antecedência possível); tipo de amostra (proteínas, peptídeo, DNA, etc); número de amostras; volume das amostras; tipo de experimento (somente espectro à temperatura fixa ou avaliações de CD em diferentes temperaturas); No caso de cancelamento do experimento, é necessário avisar com a maior antecedência/urgência possível

O que trazer: 

     > amostras em volume suficiente para a análise (300 microlitros para cubeta fechada de 1 milimetro de caminho óptico; 50 microlitros para cubeta montável, de 0,4 milimetro de caminho óptico)

     > amostras com concentração adequada para a análise * (ver observação abaixo)

     > amostras em tampão não-absortivo de luz UV (recomenda-se tampão fosfato 20 mM)

     > volumes suficientes de solução "branco", para ser analisada no equipamento e o valor ser descontado das leituras e também para ser usada para diluir as amostras, caso seja necessário

   * OBSERVAÇÃO: a concentração necessária para se obter uma leitura confiável (suficientemente acima do sinal-ruído) varia de amostra para amostra, e precisa ser determinada empiricamente. No entanto, para proteínas sugere-se concentrações entre 0,2 a 1,0 mg/ml. Em todos os casos, quando possível, sempre privilegiar amostras com concentrações maiores, pois elas podem ser diluídas caso o sinal fique muito forte. Não há garantias de que o sinal de CD será detectado em concentrações baixas e em cubetas de reduzido caminho óptico.

Regras e Cadastro do uso: 

Por ser um equipamento multiusuário, é necessário que relatórios frequentes sejam produzidos sobre o uso do espectropolarímetro. Por este motivo, será pedido para que todos os usuários preencham um formulário referente ao uso do equipamento. Este formulário será enviado por email quando do agendamento de uso, e contém campos para informar questões como o nome e informações do responsável, título do projeto, agência financiadora do projeto (quando houver), etc.

     As regras de uso encontram-se descritas nos tópicos: REGRAS DE ACESSO E PRIORIDADES" e " Prioridade de uso", apresentados acima

Dúvidas? / Contato

    > entre em contato pelo email eneas.carvalho@butantan.gov.br ou telefone 2627-9826

Esterilizador a vapor  (Processo FAPESP 2022/06090-0)

Equipamento:

Este esterilizador a vapor, da marca Baumer, utiliza vapor de água sob pressão em altas temperaturas como agente esterilizante, em ciclos com remoção de ar por sistema de vácuo pulsante e secagem sob vácuo, com controle automatizado através de comando microprocessado.

Normas para o agendamento:

O equipamento esterilizador a vapor fará parte da plataforma multiusuária intitulada “Centro de Recursos Biológicos do Instituto Butantan (CRBIB)”, São Paulo/SP. A aquisição deste equipamento permitirá a segurança na esterilização do ambiente, materiais e recursos biológicos do centro, sendo, portanto, imprescindível para o estabelecimento de boas condições de práticas laboratoriais. Por se tratar de um equipamento que dará suporte para as atividades do CRBIB, a utilização do mesmo é indireta, através da utilização do centro.  

 O CRBIB centralizará acervos, por meio de um backup contendo as amostras catalogadas, organizadas e classificadas, com alto nível de confiabilidade, qualidade e rastreabilidade. O Centro atenderá às demandas de depósito, expansão, guarda e distribuição dos recursos biológicos para o Butantan e outras Instituições públicas, oferecendo suporte a atividades de pesquisa, desenvolvimento, inovação e produção. Para a utilização dos recursos presentes no centro, o solicitante deverá enviar um email ao responsável com detalhes da sua solicitação. 

Responsável:

Juliana Carvalhal - juliana.carvalhal@butantan.gov.br

Como Agendar:

Enviar email para juliana.carvalhal@butantan.gov.br

Laboratório de Células Animais do Laboratório de Imunologia Viral (LCA)

Responsáveis:

- Dr. Renato Mancini Astray (Instituto Butantan)

e-mail: renato.astray@butantan.gov.br - Fone 2627-9621

- Dr. Aldo Tonso (USP)

e-mail: atonso@usp.br - Fone 3091-2283

Prezado usuário,

O Laboratório de Células Animais é dedicado ao desenvolvimento de tecnologias de expressão gênica e cultura em aumento de escala de células animais e insetos, principalmente na área de Virologia.

O caráter multiusuário exigido pela FAPESP atende à filosofia de garantir aproveitamento mais amplo e produtivo dos equipamentos e instalações que requerem investimentos vultuosos do dinheiro público. Assim, é de máximo interesse o uso do equipamento deste Setor pelo maior número possível de pesquisadores.

Configuração do laboratório

O LCA é um laboratório classificado em nível um de biossegurança. Dispõe de biorreatores para cultivo de células, analisador bioquímico (glicose, lactato, glutamina) e estruturas acessórias ao cultivo de células (estufa CO2 a 37°C, estufa BOD 28°C, microscópio invertido e cabines de fluxo laminar).

Condições e Procedimentos de uso

Condições:

- Agendamento prévio dos horários de utilização do laboratório.

- Apresentação de liberação do trabalho pela comissão interna de biossegurança (CIBIO) no caso de trabalho com OGM.

- Aprovação do material a ser utilizado no laboratório, com o acompanhamento de uma pessoal responsável pelo local.

- Cumprimento de todas as etapas descritas em Procedimentos.

- A referência ao uso do laboratório em publicações, teses ou relatórios derivados do trabalho integral ou parcial no LCA, deverá ser feita em agradecimentos, em material e métodos ou co-autoria, a critério da participação efetiva do grupo e acordo entre responsáveis pelo projeto e responsável pelo laboratório.

Procedimentos:

1- Enviar para o contato do responsável as seguintes informações que serão utilizadas para a elaboração de relatório científico anual e para a avaliação do trabalho proposto: Nome e Resumo do Projeto; Pesquisador responsável; Laboratório; Entidade financiadora e número do processo; Atividade pretendida e cronograma com sugestão de datas para início e término.

2- O responsável pelo LCA entrará em contato para o agendamento de uma reunião para a discussão das atividades e cronograma de utilização com os responsáveis pelo projeto e usuários pretendidos.

3– Os usuários deverão providenciar previamente todo o material que vai ser utilizado, inclusive o material de segurança (aventais, sapatilhas, toucas e luvas).

• Na eventualidade de ser necessário o cancelamento das atividades planejadas, é importante que isso seja realizado o quanto antes, para permitir que outras atividades sejam agendadas.

4– Realização do trabalho e apresentação de relatório geral, sucinto, sobre a quantidade de experimentos realizados e equipamentos utilizados, relatando sobre as condições de funcionamento dos mesmos.

5– Encerramento das atividades com a liberação total do espaço, retirando todo o material não utilizado, culturas e segregação correta de resíduos (químicos e biológicos) para o encaminhamento ao descarte.​

Microscópio confocal

Responsáveis:

- Ronaldo Zucatelli Mendonça  - Laboratório de Parasitologia

- Ida Sigueko Sano Martins - Laboratório de Fisiopatologia

- Norma Yamanouye - Laboratório de Farmacologia

Normas para utilização do Microscópio Confocal de Varredura à Laser LSM 510 META

1. Os pesquisadores e os usuários devem preencher uma ficha de identificação junto ao Diretor do Laboratório de Parasitologia para utilizar o equipamento.

2. Não é permitida a utilização do equipamento sem o acompanhamento do responsável técnico.

3. Agendamento diretamente com o Técnico Alexsander Seixas de Souza no e-mail alexsander.souza@butantan.gov.br .

4. O horário para utilização do equipamento será de segunda a sexta com dois módulos de três horas, no período matutino das 7:30 às 11:00h e no período vespertino das 13:00 às 15:50 h.

5. Desistências deverão ser comunicadas com pelo menos 24 horas de antecedência. Atrasos superiores a 45 min, sem aviso prévio, serão considerados desistências e o horário será disponibilizado.

6. O laboratório reserva-se o direito de limitar a utilização do equipamento em um módulo de 3h semanais por pesquisador responsável para melhor atender a todas as solicitações.

7. Os arquivos gerados são de responsabilidade do usuário. Cada usuário terá um diretório no disco rígido para arquivamento temporário e deverá providenciar o backup dos mesmos em, no máximo, 30 dias. Após este período, os arquivos poderão ser apagados sem aviso prévio.

8. Não é responsabilidade do técnico o tratamento em outros programas das imagens capturadas para elaboração de figuras finais de publicações.

9. O microscópio confocal LSM 510 META, bem como o técnico responsável, deverão ser mencionado em todas as publicações, teses, trabalhos e comunicações enviadas a congressos e reuniões científicas que resultarem de seu uso, sendo imprescindível a citação do Processo FAPESP 2000/11624-5. Solicitamos ainda que seja enviada uma cópia impressa ou por email das publicações, teses (página de rosto, resumo e agradecimentos) e comunicações enviadas a congressos e reuniões científicas. Isto é necessário para relatórios e justificativas, bem como manutenção e melhoria do serviço e do equipamento.

10. O cumprimento das regras é essencial para a continuidade do atendimento.

Recomendações

Os campos devem ser escolhidos previamente e as marcações, bem como seus controles negativos, devem ser checadas num microscópio de fluorescência convencional.

O equipamento não deve ser utilizado como microscópio comum de fluorescência uma vez que sua manutenção é cara, pois todos seus componentes são importados, e sua disponibilidade é menor.

Laboratório de Biologia Celular

Normas para a utilização dos microscópios eletrônicos:

Equipamentos disponíveis:

- Microscópio Eletrônico de Transmissão (MET): LEO 906E, Zeiss, Alemanha

- Microscópio Eletrônico de Varredura (MEV): QUANTA 250, FEI Company, Holanda

Responsáveis:

- Dra. Marta M. Antoniazzi

- Dr. Carlos Jared

Técnicos:

- Simone Jared​​ (MET)

Localização:

Pavilhão Lemos Monteiro

Cadastro:

- Solicitar ficha de Cadastro de usuário por e-mail:

       beatriz.mauricio@butantan.gov.br para utilização do MEV

       simone.jared@butantan.gov.br para utilização do MET

- Enviar o cadastro por e-mail e entregar cópia impressa no Laboratório de Biologia Celular com a assinatura do responsável pelo projeto.

Agendamento:

- O agendamento para uso dos equipamentos deve ser realizado no Laboratório de Biologia Celular pelo ramal 9772, com Beatriz (MEV) ou Simone (MET).

Obs: Sempre lembrando que este agendamento será realizado segundo os critérios gerais de agendamento de equipamentos multiusuários deste Instituto (Prioridade de uso: 1) Projetos diretamente ligados às solicitações dos equipamentos; 2) Projetos do Instituto Butantan; e 3) Projetos externos)

- Caso o usuário necessite desmarcar o horário, solicitamos que isto seja feito com a maior antecedência possível, a fim de disponibilizá-lo para outro usuário.

Utilização do equipamento:

- Para MET, trazer o material pronto para o exame, ou seja, sobre grades metálicas (tanto cortes ultrafinos como suspensões de partículas), e já contrastado.

- O usuário deverá trazer pen-drive, HD externo, etc... para armazenar a sua pasta de imagens digitais.

- O processamento de material para análise em MET ou MEV, poderá ser realizado pelos técnicos do Lab. de Biologia Celular, dependendo do tipo de material, disponibilidade de pessoal, e autorização prévia do diretor deste laboratório.

Maiores informações podem ser obtidas com Dra. Marta Antoniazzi ou Dr. Carlos Jared, no ramal 9772.​

Descrição Geral do Núcleo:

O Núcleo de Bioinformática e Biologia Computacional (NBBC) é composto por uma equipe de pesquisadores de diversos laboratórios de Pesquisa do Instituto Butantan, que faz a gestão do Parque Computacional Multiusuário do Instituto Butantan, atualmente composto por um Servidor para processamento de alto desempenho e uma Storage de armazenamento de dados, que podem ser utilizados - de acordo com as normas - pelos pesquisadores do Instituto Butantan e seus colaboradores.

Equipe:

Pesquisadores Responsáveis:

Dr. Milton Yutaka Nishiyama Junior

Dr. Eneas de Carvalho

Técnico:

Dr. David da Silva Pires

O NBBC é composto pelo Dr. Milton Yutaka Nishiyama Junior, que é pesquisador do Laboratório de Toxinologia Aplicada e coordenador responsável pelo planejamento e gestão da Infra-estrutura Computacional, pelo do Dr. Eneas de Carvalho que participa das decisões de aprovação e gerenciamento de projetos, ampliações da infraestrutura e solicitações de usuários da plataforma e pelo Dr. David da Silva Pires responsável pela Administração dos Servidores e suporte aos usuários. 

Equipamentos:

O Parque Computacional Multiusuário do Instituto Butantan é atualmente composto pelos equipamentos descritos abaixo, que estão fisicamente localizados no Data Center Móvel Modular - P1309 – Tecnologia da Informação:

Forma de utilização dos equipamentos:

Os Pesquisadores do Instituto Butantan e seus colaboradores podem utilizar os equipamentos que compõem o Parque Computacional do Instituto Butantan, de acordo com as normas e procedimentos de uso, que são descritos abaixo e também nos documentos que podem ser lidos nos links apresentados no texto abaixo. 

O uso do Parque Computacional do Instituto Butantan pode ser feito para diversas pesquisas que necessitem de apoio computacional, como:

- Bioinformática;

- Biologia Computacional;

- Biologia Estrutura;

- Ômicas

- Filogenia, Filogeografia e Evolução; 

- Modelagem matemática;

- Descoberta de novas Drogas;

- Modelagem molecular e Docking;

- Biologia de Sistemas

- Machine Learning

- Deep Learning

Para ter acesso ao Parque Computacional do NBBC, os pesquisadores interessados deverão preencher e enviar o "Formulário do solicitante" para o e-mail bioinfo@butantan.gov.br c/c para bioinfo-admin@butantan.gov.br. Este email deve conter o formulário (vide abaixo) preenchido e assinado pelo responsável e solicitante e se necessário poderá ser agendado uma reunião. A equipe do NBBC avaliará a solicitação e responderá ao email tão logo possível. 

A utilização do Parque Computacional é remoto, através de comandos em terminal Linux. As Normas para Utilização do Parque Computacional (link) possuem instruções de como estabelecer a conexão remota. Além disso, ao ter sua solicitação de uso aprovada, o Pesquisador receberá instruções mais detalhadas de como utilizar o Parque Computacional. Por fim, quaisquer dúvidas e necessidade de apoio podem ser resolvidas através de envio para o email  bioinfo-admin@butantan.gov.br.

É fundamental que os solicitantes tenham lido e aceitado as regras descritas no Termo de Compromisso (link termo).

Os dados (link formulário), que deverão ser incluídos no formulário, são:

Nome do pesquisador responsável;

E-mail do pesquisador responsável;

Laboratório do pesquisador responsável;

Nome do solicitante; 

E-mail do solicitante; 

Cargo do solicitante; 

Laboratório do solicitante; 

Título do projeto;

Agencia Financiadora; 

Número do Processo;

Tipo e a origem dos dados;

Capacidade de armazenamento necessária (padrão 250GB);

Resumo do Projeto/Estudo; Projeto novo ou existente; Nome do projeto existente.

link formulário: clique aqui

link termo: clique aqui

Unidade de Seqüenciamento de Proteínas e Peptídeos (USeqP)

Localização:

Laboratório de Bioquímica e Biofísica

Pesquisadores Responsáveis:

Dra. Isabel de Fátima Correia Batista

Dr. Ivo Lebrun

Técnico:

Dr. Rafael Marques Porto

A Unidade de Seqüenciamento de Proteínas e Peptídeos (USeqP) está localizada no Laboratório de Bioquímica e Biofísica do Instituto Butantan, e é composta por um HPLC (Modelo LC 20 - Shimadzu) e um Seqüenciador de Peptídeos e Proteínas (Modelo PPSQ-21 - Shimadzu).

A USeqP é composta pela Dra. Isabel de Fátima Correia Batista, que é responsável pelo manuseio e análise dos dados obtidos com o seqüenciador e pelo do Dr. Ivo Lebrun que atua no que se refere às estratégias de purificação de compostos. Ambos são pesquisadores do Laboratório de Bioquímica e Biofísica do Instituto Butantan.

Após o envio do formulário (vide abaixo) um horário deverá ser agendado para definição de estratégias a serem seguidas. É fundamental salientar aos interessados que o material a ser analisado deverá ser fornecido isento de sais e detergentes e em quantidades suficientes para:

1) Análise da amostra através de HPLC para que seja possível a confirmação de seu grau de pureza e homogeneidade, itens imprescindíveis para o desenvolvimento da etapa de seqüenciamento.

2) Desenvolvimento de pelo menos 7 ciclos, de tal forma que a informação obtida seja útil ao solicitante.

Caso a amostra não esteja em condições adequadas, as estratégias necessárias para que o seqüenciamento seja viabilizado  deverão ser definidas entre os responsáveis pela USeqP e o pesquisador interessado, bem como a definição de que tipo de colaboração será estabelecida.

Os pesquisadores interessados em obter o N-terminal de proteínas ou a estrutura de peptídeos deverão enviar "Dados do solicitante" para o e-mail sequenciador.proteinas@butantan.gov.br c/c para isabel.batista@butantan.gov.br

Dados do solicitante:

Pesquisador(es) responsável(is); Laboratório; Título do Projeto; Agencia Financiadora; Processo; Dados da Amostra; Nome; Origem; Massa Molecular; Etapas cromatográficas adotadas para a purificação; Demais características relevantes; Outras informações importantes