A delta foi a única variante do SARS-CoV-2 identificada no estado de São Paulo entre os dias 7 e 13/11 e sua incidência está em elevação em cinco regiões, estável em seis e em diminuição em quatro, segundo dados do boletim epidemiológico da Rede de Alertas das Variantes do SARS-CoV-2, coordenada pelo Butantan e que reúne laboratórios públicos e privados com o objetivo de identificar as linhagens do novo coronavírus em circulação no estado de São Paulo.

No mesmo período, que equivale à 45ª semana epidemiológica, foram identificadas 39 variantes do SARS-CoV-2 circulantes no estado de São Paulo (considerando todas as mutações da cepa indiana) após o sequenciamento de 650 amostras positivas para o SARS-CoV-2. 

A incidência da variante delta se tornou predominante no estado de São Paulo desde a 33ª semana epidemiológica, em meados de agosto. Até agora, a rede já identificou um total de 12.586 casos da variante delta no estado.

Segundo o boletim, 100% das amostras sequenciadas entre 7 e 13/11 provenientes da Grande São Paulo, Araçatuba, Barretos, São José do Rio Preto, Araraquara, Franca, Ribeirão Preto, Campinas, Piracicaba, São João da Boa Vista e Sorocaba eram a variante delta. 

Na Baixada Santista, Registro e Taubaté a incidência da delta correspondeu a 99,54% das amostras e 0,46% foram identificadas como a variante gama. Em Bauru, Marília e Presidente Prudente, a incidência da delta foi de 97,41% e 1,72% foi de gama.

Desde o início da Rede de Alerta, começada em janeiro, as variantes mais incidentes no estado de São Paulo são a gama (55,95%), seguida pela delta (38,11%) e pela variante P.1.7 (2,9%). 

Incidência no Estado

Outro dado trazido pelo boletim foi o aumento dos casos de Covid-19 em diversas partes do estado. Entre os 7 e 13/11, a incidência de SARS-CoV-2 apresentou diminuição nas regiões de Bauru, São José do Rio Preto, Sorocaba e Taubaté; se manteve estável na Grande São Paulo, Araraquara, Baixada Santista, Campinas, Marília e Ribeirão Preto; e apresentou elevação nas cidades de Araçatuba, Barretos, Franca, Registro e São João da Boa Vista.

O sequenciamento genômico iniciou-se no mês de janeiro de 2021 e até a 45ª semana epidemiológica já foram sequenciados 33.028 (2,9%) genomas completos de 1.144.482 (33,1%) casos positivos. O número de amostras sequenciadas variou de acordo com a semana epidemiológica, em que a representatividade percentual foi de 0,1% a 38,5%.

A Rede de Alertas das Variantes do SARS-CoV-2 é um desdobramento da Rede de Laboratórios para Diagnóstico do Coronavírus SARS-CoV-2, gerida pelo Instituto Butantan e formada por 28 laboratórios públicos e um laboratório privado que atuam de forma colaborativa e organizada para entregar, em até 72h, os laudos aos pacientes com suspeita de Covid-19. Além de gerenciar a rede, o Butantan a integra com dois laboratórios. 

Os dados da Rede de Alerta são obtidos a partir de sequenciamento genômico de uma parcela dos testes diagnósticos positivos realizados no Butantan e em outros oito laboratórios: Hemocentro de Ribeirão Preto/FMRP-USP, FZEA-USP/Pirassununga, Centro de Genômica Funcional ESALQ-USP/Piracicaba, Faculdade de Ciências Agrônomas UNESP/Botucatu, FAMERP São José do Rio Preto, Mendelics e Centro Analítico de Genômica e Proteômica.