A peste bubônica ficou conhecida por devastar a Europa no final da Idade Média. Nos séculos seguintes, houve diferentes surtos da doença, que reapareceu de forma grave nos últimos anos do século XIX em países como China e Índia. De lá, chegou novamente à Europa, especialmente à cidade do Porto, em Portugal, em 1899, de onde se difundiu em seguida para o Paraguai.

A situação deixou em alerta o governo do Brasil, que decidiu isolar os navios vindos do Porto para evitar o contágio e a disseminação da doença, assim como encomendar a fabricação do soro antipestoso (que havia sido desenvolvido alguns anos antes por Alexandre Yersin, Albert Calmette, Émile Roux e Amédée Borrel), a institutos na França e Itália. Apesar da solicitação, o soro não foi fornecido em grandes quantidades, pois já havia uma demanda alta que precisava ser suprida, principalmente em Portugal.

No dia 18 de outubro de 1899, foram registrados oficialmente os primeiros casos de peste bubônica no Brasil em Santos (SP). A conclusão foi referendada pelo doutor Vital Brazil, que viria a ser o primeiro diretor do Instituto Butantan. Essa foi a primeira investigação de um surto de doença desconhecida no país que utilizou as descobertas de Louis Pasteur, as quais constituem as bases do que hoje chamamos microbiologia.

A partir da chegada da doença a Santos, o número de casos foi crescendo vertiginosamente. Para tentar conter esse aumento, a cidade foi isolada. Os navios que tinham autorização para desembarcar começaram a ser controlados e foram colocados postos de desinfecção nas estradas de ferro. Além disso, medidas de isolamento foram adotadas para os possíveis infectados.

Em 1901, a peste bubônica já havia chegado à cidade de São Paulo. Em junho, com o objetivo de controlar de forma mais eficaz o surto, o Instituto Butantan começou a produzir o soro antipestoso - considerado pelo Instituto Pasteur de Paris a grande arma para vencer a peste bubônica.

A situação só mudaria no ano seguinte, quando o Instituto Butantan começou a produzir a vacina antipestosa, seguindo a técnica criada pelo italiano Camillo Terni do Instituto de Messina, a partir da vacina desenvolvida pelo médico russo Waldemar Haffkines.