O Instituto Butantan é um dos maiores centros de pesquisa biomédica do mundo. A investigação científica é a base da Instituição e, desde a sua fundação, em 1901, atua em conjunto com as demais áreas do conhecimento, desde a cultural, por meio da difusão científica, até para o desenvolvimento e produção de imunobiológicos que são fornecidos ao Sistema Único de Saúde (SUS).
Localizado em um parque, o Instituto abriga laboratórios especializados em estudos básicos e aplicados em diversas áreas da Saúde Pública. São elas: Imunologia, Toxinologia, Biotecnologia, Biologia Molecular, Farmacologia, Biologia Celular, Bioquímica, Microbiologia, Parasitologia, Biologia Animal, Genética e Fisiologia.
O Butantan investe na divulgação científica e formação de profissionais, por meio de programas de pós-graduação em Toxinologia e especialização na área da Saúde, MBA profissional na área de Inovação da Saúde, iniciação científica e cursos de extensão universitária (Escola Superior do Instituto Butantan).
O fomento à pesquisa é proveniente de agências como CNPq, Fapesp, Capes e Finep, por meio de bolsas e projetos institucionais de grande porte, como o Centro de Excelência para Descobertas de Alvos Moleculares (CENTD) e Centro de Toxinas Resposta-imune e sinalização celular(CeTICS).
Os dois principais grupos que atuam na área científica são a Centro de Desenvolvimento Científico (CDC), a Centro de Desenvolvimento e Inovação Industrial (CDI) e a Centro Bioindustrial (CB).
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