Existem diversas árvores ao longo do Parque Butantan que por conta de sua origem, do número limitado de exemplares ou devido à sua condição ecológica, são consideradas raras. Algumas apresentam características excepcionais como flores perfumadas e/ou coloridas, madeira diferenciada ou porte monumental, as quais valem a pena de serem conferidas de perto.

Assim como o próprio Instituto Butantan, algumas árvores possuem décadas - e até mesmo século - de história. Essas árvores vivenciaram as mudanças na paisagem e no clima que ocorreram ao longo do tempo, tornando-se históricas por serem testemunhas vivas do crescimento da Cidade de São Paulo e do próprio Instituto Butantan.

Ao longo do parque é possível visualizar espécies como cedro-rosa, jatobá, angico-vermelho, entre outras, que possuem grande valor histórico para o Instituto Butantan e também para a própria Mata Atlântica paulistana.

Como todo ser vivo, as árvores apresentam um ciclo biológico que está sujeito ao envelhecimento e também a doenças. Algumas vezes a árvore fica tão antiga ou tão doente que acaba apresentando grande risco de queda. Nesses casos, o corte é indicado para garantir a segurança dos visitantes e a integridade do patrimônio público e privado.

Em outra situação, algumas árvores são cortadas para viabilizar obras ou até mesmo reformas. Nesses casos, o manejo arbóreo é necessário para viabilizar projetos de melhoria de laboratórios, fábricas, museus e do próprio parque.

Em contrapartida, sempre que uma árvore é cortada planta-se outra em forma de compensação ambiental. No Instituto Butantan os plantios compensatórios são realizados com espécies nativas da Mata Atlântica paulistana, priorizando-se aquelas de interesse à fauna, ou seja, frutíferas. Ao longo do parque é possível observar exemplares de pitangueira, araçá-amarelo, araçá-roxo, juçara, cambuci entre outros,  plantados de forma compensatória.

Algumas árvores, devido à sua exploração desenfreada ou mesmo pela perda de habitat decorrente do desmatamento, encontram-se ameaçadas de extinção, sendo portanto cada exemplar de extrema importância para a perpetuação da espécie. Algumas árvores nessas condições podem ser observadas ao longo do parque, sendo consideradas verdadeiras sobreviventes da Mata Atlântica Paulistana.