O Museu Biológico é o mais visitado do Instituto Butantan. Aqui, as atrações são serpentes, lagartos, iguanas, aranhas e escorpiões, vivos, que os visitantes podem observar. O acervo do museu começou a ser organizado em 1914. O prédio onde está instalado foi usado, anteriormente,  como cocheira para imunizaçao de cavalos. É o lugar certo para quem quer saber mais sobre diversidade e conservaçao dos bichos!

No lugar em que está hoje o prédio do Museu, funcionou o primeiro laboratório utilizado por Vital Brazil, diretor do Instituto Butantan em 1901.  A exposição do Museu Histórico reúne objetos que mostram como a pesquisa e produção de soros e vacinas era feita nas primeiras década do Instituto.  O objetivo do Museu é preservar, pesquisar e divulgar a história do Instituto.

Durante a década de 1970, foi erguido um prédio para funcionar como restaurante para o público e, logo a seguir, transformado em refeitório dos funcionários. Desativado o refeitório, sua estrutura de concreto armado serviu de base para erguer uma nova instalação que serviria de sede para o Museu de Microbiologia. Inaugurado em 2002, é um dos primeiros museus do gênero do país. É composto por três espaços principais destinados à exposição permanente, ao auditório e ao laboratório didático. Descrição arquitetônica

O prédio do atual museu deve seu aspecto às restrições impostas pelas características da antiga construção, que foi reaproveitada e serviu de ponto de partida para o desenvolvimento do projeto. O resultado final aponta para insinuados volumes e transparências de sabor contemporâneo. Revestido por ripado de ipê natural, criou uma “segunda pele” para o edifício. Os caixilhos foram trocados e o setor de ambientes herméticos foi fechado com alvenaria de massa grossa desempenada pintada de branco. A qualidade do projeto está justamente no contraste do peso e da opacidade do volume branco com a leveza e a transparência do rendilhado de madeira

Este museu fica no bairro do Bom Retiro, no prédio do antigo Desinfectório Central que, como o Butantan, fazia parte do sistema de saúde pública paulista criado no início do século XX.

Inaugurado em 1914, ao mesmo tempo em que o Edifício Vital Brazil. Concebido como local de armazenamento de cobras e outros animais  usados na pesquisa e na produção de soros, também aconteciam no Serpentário exibições públicas de extração de veneno.  Atualmente, habitam o local alguns espécimes de serpentes da fauna brasileira, o que permite a quem visita observar os animais em ambiente semellhante ao habitat natural. 

Popularmente conhecido como Prédio da Biblioteca(ou Prédio Central). O edifício Vital Brazil, rebatizado em 2014, abriga a Biblioteca do Instituto Butantan com importante acervo especializado e o Centro de Memória além de laboratórios de pesquisa. Segue às construções imponentes e sofisticadas no começo do século 20, destinadas às instituições científicas que se afirmavam no país. A sua construção iniciou-se na década de 1920 pelo trabalho de Mauro Álvaro de Souza Camargo. As características arquitetônicas remetem ao estilo Sezession. Além da imponência da estrutura chama atenção a presença dos vidros nas portas e janelas gravadas com logotipo do Instituto, o  acabamento foi realizado com ladrilhos hidráulicos trazidos da Alemanha para compor o piso.

Essas construções eram utilizadas como depósito de ferramentas, veículos e forragem para os animais utilizados na produção dos soros e em estudos experimentais. Também abrigava espaços para serviços de ferreiro e seleiro, além de guarda, reparo e manutenção de carros, máquinas e equipamentos agrícolas. Entre 2007 e 2009 foi alvo de intervenções de restauro e reforma para transformar o conjunto em um Centro Cultural. Atualmente é utilizado como Centro de Difusão Científica (CDC), com atividades de recepção dos visitantes, cursos, palestras e exposições.

A edificação, construída entre 1928 e 1931, foi concebida para servir de moradia ao então diretor Afrânio do Amaral. Em 1945, nela foi instalado o Hospital Vital Brazil e entre 1956 e 1966 recebeu o Museu do Instituto Butantan. Também abrigou por um período a Escola Rural. A edificação, idealizada por Mauro Álvaro, foi projetada sob ampla gama conceitual do ecletismo, cujo caráter pitoresco nos remete a residências campestres inglesas do início do século 20. Exibe alvenarias de tijolos à vista e molduras e barrados em argamassa raspada, com delicados trabalhos de rusticação e um vitral na escadaria interna do edifício. Sediou a Diretoria Técnica até janeiro de 2019.

“Prédio Novo” foi o nome que a comunidade do Instituto Butantan adotou, sendo conhecido assim até hoje, mais de 70 anos depois de sua construção. Sua concepção teve início em 1938 com o objetivo de aumentar o número de laboratórios do Butantan. Neste prédio funcionaram, dentre outros, o Laboratório de Genética, idealizado por Willi Beçak (1932) na década de 60, o primeiro a realizar estudos citogenéticos no país, e o Laboratório de Bacteriologia. O edifício foi idealizado em estilo Art Decó, em voga em São Paulo durante a década de 1930. Como foi inaugurado somente em meados da década seguinte, novos conceitos arquitetônicos já haviam se tornado paradigmas de modernidade, contudo ainda continua como referência para época.

Prédio inaugurado em 1920 como Laboratório experimental abrigou diversos laboratórios, exposições de serpentes e até mesmo de residência de Vital Brazil e seu gabinete. Em 1935, o médico José Lemos Monteiro (1893-1935) e seu assistente morrem de febre maculosa contraída acidentalmente durante um experimento. A sala onde ocorreu a tragédia recebeu placa de Edson Dias e o prédio recebe o nome de Lemos Monteiro. A sua arquitetura é eclética com tendências neoclássicas, com destaque para relevos com formatos de animais e microscópios. Em 1969, o Pavilhão foi sede do Centro de Pesquisa e Formação em Imunologia da Organização Pan-americana de Saúde que deu origem ao atual Laboratório de Imunopatologia. Atualmente, o prédio abriga diversos laboratórios.

Datada provavelmente do final do século 19, serviu de sede da antiga Fazenda Butantan. Primeiramente serviu como residência do diretor e posteriormente destinou-se à Escola Rural do Butantan. Atualmente é ocupada por laboratórios e setores do Centro de Desenvolvimento Cultural. A arquitetura é eclética seguindo a tendência disseminada no Rio de Janeiro no final do século. Sofreu reformas em 1920 que descaracterizou parte da sua ornamentação original conservando algumas de suas portas e janelas.

O Centro Administrativo ocupa o espaço do antigo Paço das Artes. A estrutura corresponde apenas uma parcela da construção modernista projetada pelo arquiteto italiano Jorge Wilheim nos anos 70. O espaço foi idealizado como um grande complexo destinado às artes, exposições, sede para conferências e abrigo para artistas convidados. Contudo, a obra nunca foi finalizada. Exceto o espaço do museu onde ocorriam as exposições desde 1994. Em 2016, por meio de acordo com governo do Estado de São Paulo, o Paço passou a ser propriedade do Instituto Butantan. As obras iniciaram em 2018 e, atualmente, o novo espaço abriga o Centro Administrativo, a Diretoria Técnica e o futuro Centro de Ensino.