O serpentário é uma das atrações mais visitadas do Instituto. Ligado ao Laboratório de Ecologia e Evolução (LEEV) do Butantan, o espaço, construído em 1912 e inaugurado em 1914, permite a observação de serpentes da fauna brasileira em um ambiente semelhante ao habitat natural. Em seu espaço são desenvolvidas pesquisas sobre biodiversidade e conservação, além de atividades educativas.

Projeto Mão na Cobra

Desde 2007 acontece no serpentário a atividade “Mão na cobra só no Butantan”, cujo objetivo é proporcionar aos visitantes a oportunidade de manipular falsas-corais e dormideiras. A atividade é acompanhada por biólogos, que esclarecem dúvidas sobre os animais, discutem o papel das serpentes na natureza e sua importância para o homem.

A atividade permite a manipulação de certas espécies de serpentes pela população com acompanhamento de especialistas que esclarecem dúvidas. A atividade ocorre em local próximo ao Serpentário toda quinta-feira, das 14h30 às 15h30. Atividade gratuita.

*(a atividade será suspensa em dias de chuva e feriado).​​

Excepcionalmente, no dia 26 de janeiro de 2017 a atividade "mão na cobra" será oferecida somente pela manhã, como parte da programação de férias no Butantan.